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查革氏病的传播媒介之一—红带锥蝽的染色体水平的基因组研究
时间:2020-03-09 点击次数:250

查革氏病的传播媒介之一—红带锥蝽的染色体水平的基因组研究

美洲锥虫病(American trypanosomiasis)又称恰加斯病(Chagas disease),是由克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)引起的一种传染病。其主要通过媒介昆虫锥蝽传播,也可通过输血或器官移植、母婴、经口或直接接触等方式传播。由于其确诊率低,无疫苗可以预防,并且到病程晚期没有特效的药物,因此,有学者把它称为“新型艾滋病”。

红带锥蝽是恰加斯病的媒介之一,在全球45个国家广泛分布。我国东南沿海也有红带锥蝽广泛分布。尽管红带锥蝽对人类的健康非常重要,但迄今为止,它的起源仍不清楚,也没有一个标准的参考基因组。

本研究利用单分子DNA测序技术(即PacBio Sequel平台)测序了一个雌性红带锥蝽的基因组,成功地重建了其覆盖90%核基因组(757mb)的全基因组(680mb)。通过Hi-C分析,本研究重建了这个雌性个体的全长染色体,它有13条独特的染色体(2n=24=22+X1+X2)。其contig N50为2.72MB, scaffold N50为50.7MB。超过95.1%的BUSCO基因是单拷贝,表明基因组高度完整。这个基因组已经达到了基准面精度99.99%。这个铂金级基因组有12691个注释的蛋白质编码基因。

本研究组装了一个铂金级红带锥蝽标准参考基因组组装,其注释信息将为后续的比较基因组研究以及红带锥蝽性别决定机制分析和和恰加斯病的病原的相互关系的深入研究提供基础。

本文发表在GigaScience,中国疾控中心寄生虫病所媒传热带病室刘琴为第一作者,周晓农,陈楠生为共同通讯作者

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